После двух долгих лет Наруто возвращается в свою родную деревню — Коноху. Друзья весело встречают носителя Кьюби. Казалось бы, все невзгоды позади, но осталась одна нерешаемая проблема — Саске Учиха. Человек, который заставил Наруто два года упорно тренироваться, не взирая ни на какие трудности. Наруто, полный решимости найти Учиху и привести его обратно в деревню, отправляется к Хокагэ, чтобы получить очередную миссию и доказать свою силу. Но у Хокагэ сейчас большие неприятности:
Истинный лидер организации "Акацуки" — Мадара, продолжает строить планы по уничтожению ненавистного ему селения. Силой это селение захватить почти невозможно, а стратегическими дарованиями члены организации далеко не блещут. Мужчина полон злости и желания мести и, не без помощи Пэйна, наконец находит способ уничтожить эту деревню со всеми её жителями. Он решает одолеть деревню скрытую в листьях не силой, а хитростью. Акацуки подкупают маленькие деревни, предлагая им союз, а взамен обещают не трогать жителей. Деревни Водопада и Снега, не задумываясь, соглашаются на предложение, ведь что могут сделать эти деревни против такой мощи?  А Аме и Кири уже давно под властью Акацук. Начиная с маленьких, но уверенных побед, они постепенно захватывают всё большую территорию. Но не только деревни обращают на себя острый взгляд Мадары. Человек, чье имя — Данзо, тоже является ключом к неприступным воротам Листа. Пейн по воле Учихи заключает с ним сделку. Данзо должен докладывать Акацукам о положении дел в Конохе, каждый шаг, сделанный Цунадэ, должен быть записан и проконтролирован. Но мало этого, Мадара приказывает Данзо убить Хокагэ... Взамен, Данзо было обещано оставить Конохагакуре но Сато под его личный контроль, что естественно было бы очередным обманом. Глава корня АНБУ, который грезил о подобном уже не один десяток лет, соглашается на коварное предложение, понимая однако, что может ожидать его в итоге, но приберегая еще один козырь в рукаве. Физически устранить Пятую Данзо не получается, так как Цунадэ уже давно присматривает за ним, у Данзо почти скованы руки, однако ему удается настроить деревню против Годайме. Также ему удается подтасовывать данные, которые получает глава деревни о происходящем за пределами Конохи.
Цунадэ чувствует опасность и интуиция как всегда не подводит Хокагэ. Женщина решает поскорее объединиться с более маленькими государствами и естественно принимает предложение Юки, Таки, Кири и Аме, не подозревая о их связи с организацией Мадары. Деревни, по приказу Акацук, предлагают Конохе дружбу, а точнее смерть. Подписывая договор о «мире», Хокагэ практически передает селение во власть Учихи Мадары.
Но и на этом Акацуки не остановились. Последнее селение, которое еще могло помешать финальному удару Акацук – Суна, всё еще числилась в настоящих союзниках Листа. Разрыв этой последней связи должен был окончательно оставить Коноху беспомощной в случае атаки. Акацуки подкупают нукенинов. Отряд, переодетый в форму шиноби Песка, устаивает акт саботажа, нападая на Коноху. Лист отбил атаку, но в запале происходящего кругом хаоса Пятая с мимолетной скоростью разорвала мир между этим двумя селениями, укрепив охрану на вратах Конохагакуре.
Гаара не до конца понимает, что происходит, но в связи с такой перестановкой, решает объединиться с Кумо, которую Акацуки еще не тронули. Облако недолго раздумывает и соглашается на союз. Райкагэ и Кадзекагэ пытаются разгадать путаницу, которая завязалась в мире.
В это время не дремлет и Орочимару. Тренировки с Саске кое-что показали ему и теперь саннин хочет устроить бойню среди оставшихся Учих, а после забрать себе тело выжившего. Саске же догадывается о плане Орочимару и решает собрать свой отряд, чтобы присматривать за саннином и в случае опасности суметь дать отпор. Однако перспектива долгожданной битвы с Итачи может затмить собой всё остальное.
Клан Хьюга начинают заговор о «смещении» Хокагэ с поста. Но это не блажь, это необходимость, потому как многие кланы буйствуют, разгораются междоусобицы. Очередная война все ближе и ближе, а селение становится всё слабее и слабее. Хокагэ теряет авторитет и верных людей. Воля Огня в душах людей угасает. Коноха в ловушке. Как повернется судьба для людей, которым еще не безразлично будущее родной деревни? Сможет ли Воля Огня разгореться ярче, чем когда бы то ни было, чтобы суметь противостоять надвигающейся угрозе? Или пришел конец селению скрытому в Листве?